После закрытия Святогорского монастыря в 1922 г. братия обители, не желая, чтобы останки Иоанна Затворника преданы были поруганию, убрали с его могилы надгробие и распространили слух в народе о якобы состоявшемся перенесении мощей. Некоторые из местных жителей утверждали, что в годы гражданской войны мощи были выкопаны монахами и увезены в г. Киев. Это, конечно, маловероятно, потому что в те страшные годы разбоя и грабежей монахи не рискнули бы увозить куда-либо мощи, тем более в Киев.
В 1980-х гг. неизвестные могильные грабители стали вскрывать монашеские погребения на монастырских кладбищах Святогорской пустыни и выбрасывать из них кости. Настоятель Воронежского кафедрального собора архимандрит Алипий (ныне – схиепископ Алипий (Погребняк)), имевший близкое общение со многими святогорскими старцами, был вынужден посылать своих духовных чад, которые останки снова опускали в могилы и закапывали.
В 1988 г. местным духовенством на месте погребения преподобного Иоанна Затворника были проведены своего рода археологические раскопки. Однако попытка обрести мощи преподобного оказалась безуспешной, и могильный склеп был снова заложен.
Через год, 5 мая 1989 г., архимандритом Алипием, который уже стал благочинным 13 Краснолиманского округа, были проведены повторные раскопки, увенчавшиеся успехом. Отец Алипий писал в рапорте Преосвященнейшему Иоанникию, епископу Донецкому и Луганскому: «Мел выкидывали на одну сторону, а когда стали приближаться к останкам Затворника, мел стали выбирать руками, ведерком вытягивать из ямы и просеивать мелочь на решето». Была обретена честная глава преподобного, деревянный постригальный крест, кожаные сандалии, цепь от креста, висевшего на груди. Отец Алипий писал далее в рапорте: «… Был найден и наперсный крест – медный с эмалью, – что подтверждало подлинность могилы Затворника. Была обретена свинцовая плита, положенная во гроб братией обители при погребении. Ее размер: 23 х 15,5 х 1 см. На ней следующая надпись:
Недолгое время мощи хранились у отца Алипия, а в 1993 г. были переданы им открывшемуся в 1992 г. Святогорскому монастырю.
Ныне святые мощи преподобного Иоанна Затворника хранятся в деревянной резной раке под шатровой сенью в Успенском соборе.
Еженедельно у мощей преподобного Иоанна по четвергам с 7 ч. утра служится ему молебен.