Рафаил (Мокренский) до своего назначения в Святые горы был известен как префект и с 1753 года ректор Харьковского коллегиума. Волей Божией, образованный и благочестивый, он в июне 1758 года в сане архимандрита стал настоятелем пустынного Святогорского монастыря. Новое послушание подвигло его на более трудное и жертвенное служение Церкви и вверенной ему обители, которая благодаря ему особенно прославилась церковным благочинием и примерами истинно монашеской жизни.
Народная память чтит архимандрита Рафаила как строгого подвижника благочестия и ко времени его относит цветущее состояние обители по жизни духовной. Современники свидетельствовали, что в его время жило много скитников на монастырских хуторах и по ущельям Святых гор.
К чести архимандрита Рафаила как настоятеля, несмотря на общий упадок монашеской жизни в ХVIII веке, на Святых горах в дни его настоятельства поддерживались 3 вида монашеской жизни: общежительный, скитской и отшельнический. Это само по себе говорит о его духовной настроенности и глубоком понимании монашеского подвига.
Архимандрит Рафаил известен не только как возродитель духовной жизни на Святых горах. Опасность татарских нападений принудила его заниматься и строительной деятельностью.
На правой стороне Северского Донца, в 2-х км от монастыря, в уединенной местности, окруженной с трех сторон скалистыми горами, находился в древности скит Святогорской обители, называемый Святым местом. В одно время хотели даже перенести туда весь монастырь, вероятно, из-за татарских разорений. Для удобства обороны между гор был протянут оборонительный вал, и устроена площадка в виде батареи, следы которой заметны до сих пор.
«Это была действительно батарея, — говорил архимандрит Арсений (Митрофанов) А. Н. Муравьеву, — ее устроил усердный инок Иаков-пушкарь, как его называли по прежнему ремеслу, лет за сто тому назад, при архимандрите Рафаиле, одном из последних и самом именитом по своей добродетели. Должно предполагать, что не без причины протянут был этот вал в лесной чаще, от горы и до горы поперек ущелия; оне сходятся позади скита, образуя треугольную площадь, отовсюду огражденную; опасность от набегов крымских, вероятно, вынудила скитников позаботиться и физическим укреплением места духовных своих подвигов. Тут обнаруживается, какими средствами владела тогда обитель, если под руководством пушкаря инока могли срыть целую гору, чтобы завалить овраг для сооружения этого вала; хотя он отчасти осыпался, но еще сохранился крутой обрыв и над ним высокая терраса для новаго скита».
Святогорская обитель, обустроенная еще в предшествовавшие годы, при архимандрите Рафаиле была довольно богатой, — сам же настоятель, напротив, мог похвалиться своей христоподражательной нищетой, которая стала особенно явна для всех после его смерти. «1765 года февраля 10 дня, — писал в Изюмскую полковую канцелярию наместник обители иеромонах Иоанн, — Святогорского Успенского монастыря архимандрит Рафаил (Мокренский) волею Божиею от сея временная жизни преставился и… по себе… ничего с имущества своего не оставил, все при жизни своей беднякам и неимущим раздал».
Блаженнопочивший архимандрит Рафаил положен был в Петропавловском храме, незадолго до этого им же построенном по благословению Преосвященного Иоасафа (Миткевича), епископа Белгородского.
Интересное свидетельство имеется в историческом описании Святогорской пустыни, сделанном Григорием Кулжинским: «В недалеком расстоянии от подошвы святогорской скалы, к западной стороне от монастырской ограды, есть другая усыпальница, древнейшая: она занимает ровное пространство длиной в 50 и шириной в 25 сажень. Посреди этой усыпальницы стоит каплица (часовня) на месте престола бывшей здесь некогда Петропавловской церкви. Между могилами на этой усыпальнице находится могила строгого подвижника, архимандрита Рафаила (Мокренского). Уже в позднейшее время на этой усыпальнице сделался провал в одном склепе, и люди видели покоющихся трех лиц в митрах».
По свидетельству архимандрита Арсения (Митрофанова) над местом, где было это древнее кладбище, хранившее кости святых подвижников, в ночное время проходившие мимо братия видели иногда тусклые огоньки.
Многие из святогорской братии приходили поклониться могиле знаменитого архимандрита Рафаила, память которого всегда благоговейно чтилась местными жителями. И хотя не сразу после возобновления Святогорской обители был поставлен крест над местом покоя блаженного труженика, они, зная добродетель почившего, старались обходить святое место его могилы, чтобы не попирать его ногами, ожидая, что в скором времени снова устроится храм Первоверховных Апостолов, и эта могила примет почетный вид.
К сожалению, Петропавловское кладбище было полностью срыто в безбожные годы советской власти. В настоящее время на этом месте установлен памятный деревянный крест.
Хотя всепоядающее время и злые люди уничтожили наружные памятники на этом древнем кладбище, но не изгладится память о подвижниках, там погребенных, в душе и сердце православного народа.
8 мая 2008 года Священный Синод Украинской Православной Церкви, рассмотрев житие, труды, подвиги, чудеса и народное чествование подвижников благочестия, «иже во святых горах на Донце» подвизалися, принял историческое решение (Журнал № 38): «Благословить для местного прославления и чествования в числе прочих в лике преподобных архимандрита Рафаила (Мокренского)».
12 июля 2008 г. Украинской Православной Церковью преподобный Рафаил (Мокренский) прославлен в лике преподобных Собора Святогорских святых. Память Собора Святогорских святых совершается 11 (ст. ст.) / 24 сентября (н. ст.).
Память преподобного Рафаила, архимандрита Святогорского, совершается 10/23 февраля.